Das schnelle und flexible Monarch Kit zur gDNA Isolation
Das Monarch Genomic DNA Purification Kit ist ein vielseitiges Kit zur DNA Isolation und DNA Aufreinigung aus einer Vielzahl von Zelltypen.
Das Kit ermöglicht die flexible DNA Isolierung aus Blut, Zellen, Gewebe sowie Bakterien, Hefen und anderen, schwer zu lysierenden Proben. Die optimalen Lysepuffer für das jeweilige Inputmaterial, Proteinase K zur Homogenisierung bestimmter Probentypen und RNase A zur effizienten RNA-Entfernung sind im Kit enthalten. Die genomische DNA (gDNA) wird mit hoher Ausbeute und Reinheit und mit ausgezeichneter Integrität eluiert, bereit für den Einsatz in Downstream-Anwendungen wie qPCR, Long Range PCR und NGS Library Prep.
Video: Tipps zur DNA Isolation
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„Just wanted to let you know that we are very happy with the HMW extraction kit! DNA is much cleaner and Nanopore sequencing worked much better than with circulomics!“ Mitarbeiter am Research Institute of Molecular Pathology (IMP), Wien, Österreich |
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Überzeugen Sie sich selbst:
Isolieren Sie qualitativ hochwertige, genomische DNA aus verschiedenstem Probenmaterial mit nur einem Kit
Von jeder Probe wurden 100 ng genomische DNA auf ein 0,75%iges Agarosegel aufgetragen. Die gDNA wurde nach den jeweiligen Standardprotokollen für Blut, kultivierte Zellen und Gewebe sowie den speziellen Protokollen für Mundschleimhautabstriche, Speichel und Gram-/ Gram+ Bakterien isoliert. Verwendete Ausgangsmaterialien: 1 x 10^6 HeLa-Zellen, 100 μl Humanes Blut, 10 μl Vogelblut, 10 mg gefrorenes pulverisiertes Gewebe, 1 Wangenabstrich, 500 μl Speichel und ~1 x 10^9 Bakterienzellen. Der Lambda DNA-Hind III Digest (NEB #N3012) wurde als Marker verwendet (M). Die gereinigten gDNA-Proben wurden mit einem Genomic DNA ScreenTape® auf einer Agilent Technologies® 4200 TapeStation® analysiert. Die in den Wangenabstrich- und Speichelpräparaten verarbeiteten Zellfraktionen enthalten erwartungsgemäß abgestorbene Zellen, was zu einem Muster mit den für apoptotische Zellen typischen Banden niedrigen Molekulargewichts führt.
Das Agilent Technologies® 4200 TapeStation® Genomic DNA ScreenTape wurde für die Analyse von Blut-, Zellkultur- und Gewebeproben verwendet, die mit den entsprechenden Protokollen des Monarch Genomic DNA Purification Kit und des Qiagen DNeasy Blood & Tissue Kit aufgereinigt wurden. Die gDNA wurde in 100 μl eluiert und 1/100 der Eluate (~1 μl) wurde auf ein Genomic DNA ScreenTape geladen. Verwendete Ausgangsmaterialien: 100 μl frisches Humanes Vollblut, 100 μl gefrorenes Schweineblut, 1×10^6 HeLa-Zellen und 10 mg gefrorenes, pulverisiertes Gewebe. Die mit dem Monarch Kit isolierten gDNA Proben zeigen typischerweise Größen von 50 – 70 kb und eine DIN (DNA Integrity Number) von ~9, mit dem DNeasy Kit isolierte gDNA ist unter 30 kb groß mit DINs ~7-8. Bei Leber-, Gehirn- und Muskelproben sowie gefrorenem Blut zeigt das DNeasy Kit geringere Ausbeuten und niedrigere A260/A230 Verhältnisse.
Isolieren Sie intakte genomische DNA für long-range PCR, qPCR, NGS Library Prep und andere anspruchsvolle Anwendungen
A. Es wurden PCRs mit Primerpaaren durchgeführt, die spezifisch für 6, 8, 10, 12, 12, 16 und 20 kb Amplikons aus Humaner DNA sind. Dazu wurde der LongAmp® Hot Start Taq 2X Master Mix (NEB #M0533) verwendet, pro PCR wurden 25 ng Template DNA eingesetzt. Die PCR-Reaktionen wurden in einem Applied Biosystems 2720 Thermal Cycler durchgeführt. Die mit dem Monarch gDNA aufgereinigte DNA aus HeLa-Zellen und Humanem Blut wurde mit handelsüblicher Referenz-DNA aus der menschlichen Zelllinie NA19240 F11 verglichen. Je 10 μl Reaktion wurde auf ein 1,5%iges Agarosegel geladen, wobei die 1 kb DNA Ladder (NEB #N3232) als Marker verwendet wurde. Die Ergebnisse zeigen, dass die DNA von hoher Integrität und für die Long Range PCR gut geeignet ist.
B. Mit dem Monarch Kit isolierte genomische DNA aus Humanem Vollblut, HeLa-Zellen und Mäuseschwanz wurde verdünnt, um 5-log-Verdünnungsstufen der Input DNA abzudecken. Die qPCRs wurden mit Primern für gHEME (humanes Vollblut) und gREL (HeLa, Mausschwanz) durchgeführt. Es wurde der Luna® Universal qPCR Master Mix (NEB #M3003) verwendet, die Reaktionen wurden auf einem Bio-Rad® CFX Touch qPCR Thermocycler durchgeführt. Die Ergebnisse zeigen, dass die DNA hochrein und frei von Inhibitoren ist, optimal für die qPCR.
A. Es wurden NGS Libraries wurden aus je 100 ng HeLa-gDNA hergestellt, die entweder mit Monarch (orange) oder Qiagen DNeasy Mini Kit (blau) isoliert wurden. Für die Library Prep wurde in beiden Fällen das NEBNext Ultra II FS DNA Library Prep Kit for Illumina (NEB #E7805) verwendet. Die Libraries wurden auf einem Illumina MiSeq sequenziert. Die Reads wurden mit Bowtie 2.2.4 gemapped und die GC-Abdeckung mit Picard CollectGCBiasMetrics (v1.117) berechnet. Die erwartete normalisierte Abdeckung von 1,0 wird durch die horizontale graue Linie angezeigt, die Anzahl der 100 bp-Bereiche bei verschiedenen GC Gehalten wird durch die vertikalen grauen Balken angezeigt. Die farbigen Linien stellen die normalisierte Abdeckung für jede Library dar. Die Monarch GC-Coverage entspricht den Ergebnissen mit Qiagen DNeasy.
B. Die Ausbeuten der durch enzymatische Fragmentierung erzeugten Libraries sind bei Verwendung von mit Monarch isolierter gDNA gleichwertig. Die Library Ausbeute der oben beschriebenen Proben wurde mit einem Agilent Technologies® 2100 BioAnalyzer unter Verwendung eines High Sensitivity DNA Kit ermittelt.
Das Monarch gDNA Purification Kit wurde von uns bereits für die folgenden Materialien getestet und validiert:
- Mouse Tail
- Mouse Ear
- Mouse Liver
- Rat Liver
- Mouse Kidney
- Mouse Spleen
- Mouse Heart
- Mouse Lung
- Mouse Brain
- Rat Brain
- Mouse Muscle
- Rat Muscle
- Deer Muscle
- Human Blood
- Mouse Blood
- Rabbit Blood
- Pig Blood
- Guinea Pig Blood
- Cow Blood
- Horse Blood
- Dog Blood
- Chicken Blood
- HeLa Cells
- HEK293 Cells
- NIH3T3 Cells
- E. coli
- Rhodobacter sp.
- B. cereus
- T. kodakarensis
- S. cerevisiae
- Saliva
- Buccal swab
Wie bei allen Monarch Kits wurde auch bei der Entwicklung des Monarch Genomic DNA Purification Kits besonders auf minimalen Umwelteinfluss geachtet
Wir erreichen dies durch den Einsatz besonders dünnwandiger Säulchen und Flaschen. So reduzieren wir den Einsatz von Kunststoff und damit das Müllaufkommen im Labor. Zudem sind alle Komponenten der Verpackung aus recyceltem Material hergestellt.
Erhältliche Monarch gDNA Produkte:
| PRODUKT | Art. # | GRÖSSE | INFO | |
|---|---|---|---|---|
| Monarch Genomic DNA Purification Kit | T3010S/L | 50 / 150 preps |  |
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| Monarch gDNA Tissue Lysis Buffer | T3011L | 34 ml | |
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| Monarch gDNA Cell Lysis Buffer | T3012L | 20 ml | |
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| Monarch gDNA Blood Lysis Buffer | T3013L | 20 ml | |
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| Monarch gDNA Binding Buffer | T3014L | 65 ml | |
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| Monarch gDNA Wash Buffer | T3015L | 60 ml | |
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| Monarch gDNA Elution Buffer | T3016L | 34 ml | |
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| Monarch gDNA Purification Columns | T3017L | 100 preps | |
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| Monarch RNase A | T3018L | 1 ml | |
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Stand: 01.01.2024
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