Mangels besserer Alternativen hat sich die Bisulfit Sequenzierung, d.h. Bisulfite Conversion mit anschließender Sequenzierung mittels NGS, zum Goldstandard für die Methylom-Analyse entwickelt. Dabei schädigt diese chemische Behandlung die DNA, was unter anderem eine unerwünschte Fragmentierung der DNA und den Verlust von wertvollem Probenmaterial zur Folge hat. Auch kommt es bei der Bisulfite Conversion zu einer massiven Überrepräsentation AT-reicher so wie zur Unterrepräsentation GC-reicher DNA Abschnitte, wodurch die Auswertung der Sequenzierungsergebnisse erschwert ist.

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