Beim Multiplexing werden DNA-Fragmente verschiedener Proben gepooled und während eines einzigen Next Generation Sequenzierungslaufs prozessiert. Dieses Vorgehen führt zu einer erheblichen Einsparung von Kosten und Zeit.
Für solch ein Multiplexing bietet NEB Ihnen eine Reihe unterschiedlicher Lösungen an:
Single Indexing, Dual Indexing, Unique Dual Indexing, oder Unique Dual Indexing unter Verwendung von Unique Molecular Identifiern (UDI/UMI). Bei so vielen Möglichkeiten behalten Sie den Überblick mit unserem praktischen NEBNext Multiplex Oligos Selection Chart. Hier finden Sie die richtigen Oligos zur Umsetzung Ihres Sequenzierexperiments!
- Zuverlässig – der NEBNext Hairpin-Adaptor bringt höchste Ligationseffizienz
- Effizient - Flexibles Multiplexing von bis zu 480 Samples erlaubt einen hohen Probendurchsatz
- Einfach – Oligos auch vorgelegt in 96-Well Platten verfügbar
- Schnell & Fehlerfrei – PCR-freie Library Prep durch neues Multiplex Adaptor System möglich
NEBNext Multiplex Oligos Selection Chart
Single Index  |
Dual Index  |
Unique Dual Index  |
Unique Dual Index UMIs |
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| NEB Produkte | NEB #E7335, NEB #E7500, NEB #E7710, NEB #E7730, NEB #E6609 |
NEB #E7600, NEB #E7780 |
NEB #E6440 (Set 1) NEB #E6442 (Set 2) NEB #E6444 (Set 3) NEB #E6446 (Set 4) NEB #E6448 (Set 5) NEB #E7140 (EM-Seq) |
NEB #E7395, NEB #E7874, NEB #E7876, NEB #E7878 |
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| Enthält UMI | Nein | Nein | Nein | Ja | ||||||||||||
| Addressiert Index Hopping | Nein | Nein | Ja | Ja | ||||||||||||
| Indexing-Strategie | Index-Primer | Index-Primer | Index-Primer | Index-Adaptor | ||||||||||||
| Applikationen | DNA-seq, RNA-seq (außer Small RNA) |
DNA-seq, RNA-seq (außer Small RNA) |
DNA-seq, RNA-seq (außer Small RNA) |
PCR-frei DNA-seq, RNA-seq (außer Small RNA) |
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| Anzahl der verfügbaren Indices für Multiplexing | bis zu 96 | bis zu 384 | bis zu 480 | bis zu 384 für DNA bis zu 96 für RNA |
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| Kompatibel mit EM-Seq | Ja | Ja | Ja | Nein | ||||||||||||
| Kompatibel mit EpiMark Bisulfit Sequenzierung | Ja | Ja | Ja | Nein | ||||||||||||
| Anzahl der verfügbaren Sets inkl. Format |
Fünf Sets 1-4 (12 Index Primer/Set): seperate Vials; 96 Index: Vorgelegt in 96-Well-Platte |
Zwei seperate Vials mit acht i5 Index Primern und zwölf i7 Index Primern für kombinatorisches Dual Indexing |
Fünf 96 Index-Kombinationen, vorgelegt in 96-Well-Platte; einschließlich einer Version für EM-Seq mit bis zu 120 Index-Kombinationen (96-Well Platte und 24 seperate Vials |
Vier Sets für DNA Ein Set für RNA 96 Index Adaptor-Kombinationen, vorgelegt in 96-Well-Platte, Primer sind im Lieferumfang enthalten. |
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Multiplexing mit NEBNext Multiplex Oligos:
Die Multiplexing-Lösungen von NEB unterscheiden sich grundlegend von den Multiplexing-Strategien anderer Anbieter. Wir verwenden einen universellen NEBNext Hairpin-Adaptor, dessen Struktur so optimiert ist, dass die Ligation besonders effizient verläuft (siehe Abbildung 1). Der Sample-spezifische Barcode wird bei Verwendung des universellen NEBNext Hairpin-Adaptors erst im Zuge der PCR-Amplifikation über die PCR-Primer angehängt (siehe Abbildung 2).
Der einzigartige NEBNext Hairpin-Adaptor für unerreichte Performance
Abbildung 1: Der NEBNext Hairpin-Adaptor wird durch das USER-Enzym (im Lieferumfang enthalten) geöffnet. Der Adaptor liegt dann linearisiert vor und das Fragment ist bereit für die weitere Prozessierung.
Single-Index Multiplexing vs. Dual-Index Multiplexing während der PCR-Anreicherung:
Abbildung 2: Beim Single-Index Multiplexing (links: ‚Single Barcode‘) enthält nur der i7 Index-Primer einen Barcode, der i5 Primer ist ein universeller Primer ohne Barcode. Beim Dual-Index Multiplexing (rechts: ‚Dual Barcodes‘) enthalten sowohl der i7 Index-Primer, als auch der i5 Index-Primer einen Barcode.
Stetige Weiterentwicklungen im Bereich des Next Generation Sequencing (NGS) ermöglichen die Sequenzierung mehrerer hundert Proben in nur einem NGS-Experiment. Hierbei bieten Ihnen die NEBNext Multiplex Oligos for Illumina eine Reihe verschiedener Multiplexing-Lösungen. Abhängig von der Probenzahl und der gewählten Sequenzierplattform, können Sie sowohl für Single-End (SE) als auch Paired-End (PE) Sequenzierung eingesetzt werden.
Die NEBNext Single Index Primer: für bis zu 96 Proben
Für Experimente mit geringer Probenzahl bieten Ihnen die NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Index Primers Sets 1-4, #E7335, #E7500, #E7710 und #E7730) eine einfache Indexing-Strategie für die Sequenzierung von einer bis zu 48 Proben in einem Sequenzierlauf. Die Single Index-Primer haben eine Indexlänge von 6 bp, wobei jedes der oben genannten Sets separate Vials für den Universal PCR Primer (i5) und je 12 Index-Primern (i7) enthält.
Die Nutzung aller vier Sets ermöglicht es Ihnen, bis zu 48 Proben gemeinsam zu sequenzieren.
Jedes Set der NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Index Primers Sets 1-4) enthält neben je zwölf Index-Primern (i7), ein Vial des Universal PCR Primers (i5). Sie können flexibel entsprechend den Protokollempfehlungen für die PCR-Reaktion miteinander kombiniert werden.
Sie legen Wert auf eine einfache Handhabung oder wollen mehr als 48 Samples multiplexen? Dann wählen Sie die NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Index Primers) (#E6609): die praktische Indexing-Strategie für das Pooling von bis zu 96 Proben. Die Index Primer (i7) sind mit dem universellen Primer (i5) in einer 96-Well-Platte vorgemischt. Sie müssen nur noch das benötigte Volumen für die PCR-Reaktion entnehmen.
Die NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Index-Primers, #E6609). Für den schnelleren NGS Workflow durch vorgelegte Primerkombinationen in einer 96-Well-Platte.
Einfache Handhabung: Die Index-Primer (i7) sind bereits mit dem universellen Primer (i5) in einer 96-Well-Platte vorgelegt.
Kombinatorisches Dual-Indexing für das Multiplexing von bis zu 384 Proben:
Die NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Unique Dual Index Primer Pairs 1-5, #E6440, #E6442, #E6444, #E6446 & #E6448) sind einzigartige Kombinationen aus i5-Index Primern und i7-Index Primern, die für eine einfache Handhabung in 96-Well Platten vorgemischt vorliegen. Die Verwendung aller fünf Sets ermöglicht Ihnen, bis zu 480 Proben gemeinsam zu sequenzieren. Maximieren Sie die Effizienz Ihres Multiplexing-Experiments und minimieren Sie den Effekt des ‚Index Hopping‘ durch Erkennung und Entfernung der betroffenen Reads bei Verwendung der Unique Dual Index Primer von NEB.
Für das Multiplexing von bis zu 384 Proben können Sie die i5-Index Primer des Dual Index Primers Set 1 (#E7600) mit den i7-Index-Primern des Dual Index Primers Set 2 (#E7780) und die i7-Index Primer des Dual Index-Primers Set 1 (#E7600) mit den i5-Index-Primern des Dual Index-Primers Set 2 (#E7780) kombinieren.
Die NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Dual Index Primers Sets 1-2) (#E7600 und #E7780) bieten Ihnen eine hohe Flexibilität für ihr NGS-Experiment, da sie die unterschiedlichen i5- und i7-Index Primer beliebig miteinander kombinieren können.
Einfachste Handhabung bei maximaler Flexibilität für optimale Ergebnisse mit Unique Dual Index Primern von NEB
Die NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Unique Dual Index Primer Pairs 1-4, #E6440, #E6442, #E6444, #E6446 und #E6448) sind einzigartige Kombinationen aus i5-Index Primern und i7-Index Primern, die für eine einfache Handhabung in 96-Well Platten vorgemischt vorliegen. Die Verwendung aller vier Sets ermöglicht Ihnen, bis zu 480 Proben gemeinsam zu sequenzieren. Maximieren Sie die Effizienz Ihres Multiplexing-Experiments und minimieren Sie den Effekt des ‚Index Hopping‘ durch Erkennung und Entfernung der betroffenen Reads bei Verwendung der Unique Dual Index Primer von NEB.
Die NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Unique Dual Index Primer Pairs 1-5, #E6440, #E6442, #E6444, #E6446 und #E6448) bieten Ihnen die größte Flexibilität bei geringer Hands-On-Time: Sie sind unabhängig von der Flow Cell-Technologie nutzbar und die Primerkombinationen sind bereits vorgelegt in einer 96-Well-Platte erhältlich.
Nutzen Sie die Unique Dual Index UMI Adaptor für noch bessere Sequenzierdaten und PCR-freie Library Preps!
Die NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Unique Dual Index UMI Adaptors DNA Sets 1-4, #E7395, #E7874, #E7876, #E7878) und die NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Unique Dual Index UMI Adaptors RNA Set 1, #E7416) sind Adaptoren, die neben zwei Barcodes auch einen 11 nt-langen (für RNA) bzw. 12 nt-langen (für DNA) Unique Molecular Identifier (UMI) beinhalten (siehe Abbildung 3).
Die Unique Dual Index UMI Adaptoren bieten Ihnen eine Reihe weiterer Vorteile bei der Verwendung der NEBNext-Reagenzien. Die NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Unique Dual Index UMI Adaptors DNA Sets 1-4, #E7395, #E7874, #E7876, #E7878) bietet Ihnen die Möglichkeit, für die PCR-freie DNALibrary Prep ausschließlich auf NEB-Reagenzien zu setzen.
Die Unique Dual Index UMI Adaptors RNA Set 1 (#E7416) bieten Ihnen in besonders sensitiven Applikationen mit dem integrierten UMI nicht nur eine Detektion von Fehlern bei der PCR-Reaktion, sondern hilft Ihnen auch, PCR-Duplikate in amplifizierten Libraries sicher zu erkennen, um diese aus Ihren Sequenzierdaten zu entfernen.
Sowohl die Unique Dual Index UMI Adaptors DNA Sets 1-4 (#E7395, #E7874, #E7876, #E7878), als auch die Unique Dual Index UMI Adaptors RNA Set 1 (#E7416) bestehen aus 96 einzigartigen Index-Adaptor-Kombinationen, die für höchste Flexibilität bei einfachster Handhabung vorgemischt in einer 96-Well-Platte vorliegen. Selbstverständlich sind die neuen UDI/UMI Adaptoren auch mit allen Sequenzierplattformen von Illumina kompatibel.
Abbildung 3: Schematische Darstellung zur Verwendung der Unique Dual Index UMI Adaptors in NEBNext Library Prep Workflows. Der Unique Dual Index UMI Adaptor ist linear und enthält neben zwei Barcodes auch einen Unique Molecular Identifier (UMI). Die Anreicherung der Libraries durch PCR ist optional anwendbar.
Erhältliche NEBNext (Mulitplex-) Oligos für Illumina
| PRODUKT | Art. # | GRÖSSE | INFO | |
|---|---|---|---|---|
| NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Unique Dual Index Primer Pairs Set 1) |
E6440S | 96 rxns |  |
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| E6440L | 384 rxns | |
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| NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Unique Dual Index Primer Pairs Set 2) |
E6442S | 96 rxns | |
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| E6442L | 384 rxns | |
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| NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Unique Dual Index Primer Pairs Set 3) |
E6444S | 96 rxns | |
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| E6444L | 384 rxns | |
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| NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Unique Dual Index Primer Pairs Set 4) |
E6446S | 96 rxns | |
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| E6446L | 384 rxns | |
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| NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Unique Dual Index Primer Pairs Set 5) |
E6448S | 96 rxns | |
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| E6448L | 384 rxns | |
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| NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Index Primer Set 1) |
E7335S | 24 rxns | |
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| E7335L | 96 rxns | |
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| NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Index Primer Set 2) |
E7500S | 24 rxns | |
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| E7500L | 96 rxns | |
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| NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Index Primer Set 3) |
E7710S | 24 rxns | |
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| E7710L | 96 rxns | |
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| NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Index Primer Set 4) |
E7730S | 24 rxns | |
|
| E7730L | 96 rxns | |
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| NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Index Primers) |
E6609S | 96 rxns | |
|
| E6609L | 384 rxns | |
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| NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Dual Index Set 1) |
E7600S | 96 rxns | |
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| NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Dual Index Set 2) |
E7780S | 96 rxns | |
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| NEBNext Multiplex Oligos for Enzymatic Methyl-seq (Unique Dual Index Primer Pairs) |
E7140S | 24 rxns | |
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| E7140L | 96 rxns | |
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| NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Unique Dual Index UMI Adaptors DNA Set 1) |
E7395S | 96 rxns | |
|
| E7395L | 384 rxns | |
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| NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Unique Dual Index UMI Adaptors RNA Set 1) |
E7416S | 96 rxns | |
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| E7416L | 384 rxns | |
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Stand: 01.01.2024
Weiterführende Informationen finden Sie unter Technische Ressourcen oder auf neb.com. Informationen zu Namensrechten finden Sie hier.
