Die NEBNext ARTIC Kits ermöglichen Ihnen die zuverlässige, genaue und schnelle Sequenzierung von SARS-CoV-2 sowohl auf Illumina-Plattformen als auch mit Oxford Nanopore Technologie.
Die Kits basieren auf dem ARTIC-Ansatz für Amplikon-basierte whole viral genome-Sequenzierung und wurden in Zusammenarbeit mit den Wissenschaftlern des ARTIC-Netzwerks entwickelt. Die Kits enthalten einen ausbalancierten Primer-Pool, der eine gleichmäßige Abdeckung des Genoms gewährleistet und für 10 – 10.000 SARS-CoV-2 Genomkopien ausgelegt ist. Alle Reagenzien und Protokollschritte von der RT-PCR bis zur Library Prep sind speziell für den SARS-CoV-2 ARTIC Workflow optimiert.
Verbesserte Sequenzabdeckung bei aktuellen Virusvarianten und Express-Protokolle
Seit Mitte Februar 2022 erhalten Sie mit den NEBNext ARTIC Reagenzien sowohl den “ARTIC V3“ Primer-Pool als auch die VarSkip Short v2-Primer (VSSv2) gratis (nicht zutreffend bei #E7650). Mit den VSSv2 Primern erzielen Sie eine hervorragende Abdeckung zirkulierender SARS-CoV-2-Varianten, inkl. der Omikron- und Delta-Variante. Um die neuesten Varianten robust abzudecken, empfehlen wir Ihnen neben den VSSv2 Primern zusätzlich einen Spike-In Primer Pool zu verwenden (siehe Abbildung unten). Dieser Pool ist separat auf Anfrage erhältlich.
Sequence coverage of SARS-CoV-2 genomes with VarSkip Short v2 plus spike-in primers
Konsensgenome, von denen bekannt ist, dass sie mit VarSkip Short 2 (+ zusätzliche Primer) erzeugt wurden (grün), werden mit anderen Genomen (gelb) verglichen, die zwischen dem 01.08.2022 und dem 24.09.2022 bei Genbank eingereicht wurden. Die Genome wurden mit der Referenz NC_045512.2 verglichen (minimap2 -x map-ont -r 20000 –score-N=0, v.2.24). Die Ns wurden mit Qualimap (v2.2.2) tabelliert.
Weitere Informationen finden Sie hier:
https://primer-monitor.neb.com/lineages
Die Express-Protokolle erlauben außerdem eine Verschlankung der Workflows (siehe Abbildung rechts), da zwei Aufreinigungsschritte ausgelassen werden können. So sparen Sie nicht nur Zeit sondern auch wertvolle Plastikware wie Spitzen und Tubes etc.
Die beiden für Illumina-Sequenzierung geeigneten Kits erzeugen Library-Inserts von ~150 bp (Leselänge: 2x 75 bp) oder ~400 bp (Leselänge: 2x 250 bp) und enthalten eine neue Formulierung der DNA-Polymerase, die ein aufwändiges Normalisieren der Amplikon-Konzentration vor der Library Prep überflüssig macht.
- Schneller 1-Tages-Workflow für Illumina oder ONT mit <30 min Hands-on Zeit
- Exzellente Daten: Verbesserte SARS-CoV-2 Genomabdeckung auch bei Virus-Varianten dank zusätzlichem VSS v2 Primer Set
- Sensitiv: unterschiedliche Input-Mengen möglich (10 – 10.000 Kopien)
- Praktisch: Ein RT-Protokoll für alle RNA-Input-Mengen (alle Kits); keine aufwändige Amplikon-Normalisierung erforderlich (Illumina-kompatible Kits)
- Skalierbar: Auch in Großmengen (2304 rxn/Pack) erhältlich
So einfach und schlank ist der NEBNext ARTIC Workflow (mit ARTIC V3 Primer Set oder VarSkip Short Primer Set)
Zum Vergrößern der Abbildung bitte klicken.
NEBNext ARTIC Kit Options:
NEBNext ARTIC Kit Workflow:
Seit September 2021 sind außerdem neue Express-Protokolle verfügbar – Sie sparen damit zwei Aufreinigungsschritte nach ARTIC-Pooling sowie nach Adaptor-Ligation. Alle Details finden Sie auf den entsprechenden Produktseiten.
Verbesserte Coverage bei Virusvarianten mit dem neuen kostenfreien VarSkip Short Primer Set v2
Vergleich der Sequenzabdeckung bei der Sequenzierung der SARS-CoV-2 Omikron-Variante mit dem VarSkip Short Primer Set v2 im Vergleich zu anderen ARTIC Primer Sets. Detaillierte experimentelle Daten finden Sie unter www.neb.com/E7658
Vergleich der Sequenzabdeckung bei der Sequenzierung der SARS-CoV-2 Delta-Variante mit dem VarSkip Short Primer Set v2 im Vergleich zu anderen ARTIC Primer Sets. Detaillierte experimentelle Daten finden Sie unter www.neb.com/E7660
NEBNext ARTIC Kit Genome Coverage:
Darstellung der Leseabdeckung des SARS-CoV-2-Genoms im Integrative Genome Viewer. Die Verwendung der NEBNext Reagenzien, Primer und Protokolle ermöglicht eine gleichmäßige und vollständige Genomabdeckung. Detaillierte experimentelle Daten finden Sie unter www.neb.com/E7660
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„Seit Februar 2021 wird am Niedersächsischen Landesgesundheitsamt das NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 Library Prep Kit für die Sequenzierung von SARS-CoV-2-Proben auf Illumina-Sequencern verwendet. Dabei überzeugten sofort die einfache Handhabung und unkomplizierte Integration in die vorherrschenden Laborabläufe, aber auch die sehr gute Genomabdeckung bei hohen Ct-Werten (>25). Mit dem Aufkommen der Delta-Variante kam es jedoch zu Genomabschnitten, welche mit dem bislang verwendeten Primermix nicht mehr abgedeckt wurden. Durch den unkomplizierten Wechsel auf das NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS Library Prep Kit sowie die neu entwickelten VarSkip-Primer konnte dieses Problem zügig behoben und wieder eine hervorragende Genomabdeckung von 99,7% bei einem Ct-Wert von bis zu 31 erreicht werden, was insbesondere bei der Untersuchung von Impfdurchbrüchen und der Diagnostik der neuen AY-Varianten eine große Unterstützung darstellt.“ Dr. Richard Egelkamp, Niedersächsisches Landesgesundheitsamt (NLGA) |
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„We have been impressed by the great performance of the NEBNext ARTIC FS kit in our sequencing of human samples containing SARS-CoV-2 RNA. With this kit we have been successfully processing samples of varying quality and quantity and have been amazed by its sensitivity and remarkable uniformity of the viral genome coverage. The quick turnaround time of the robust workflow has been truly beneficial for us.“ Dr. Vladimir Benes, Head of GeneCore EMBL Heidelberg, Early-Access-User |
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„Liebes NEB Team, das NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS Library Prep Kit gewährleistet eine rasche, präzise und zuverlässige Bestimmung des SARS CoV2 Gesamt-Genoms. Aufgrund seiner einfachen Handhabung ermöglicht das NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS Library Prep Kit eine rasche Integration in den Routine NGS Workflow. Darüber hinaus funktioniert das KIT auch noch bei schwierigen klinischen Proben (ct>30) einwandfrei. Ich würde das NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS Library Prep Kit zu 100% weiterempfehlen.“ Samuel Huter, Pathologie-Labor Zams, Österreich |
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„Kurz gesagt, ich bin begeistert! Die Coverages sind trotz Poolings extrem homogen zwischen den verschiedenen ct-values. Dies erleichtert die Prep ungemein und spart eine Menge Zeit.“ Lars Steinbrück, Virologie, Medizinische Hochschule Hannover |
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Produkttabelle
| PRODUKT | Art.Nr.: | GRÖSSE | INFO | |
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| NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS Library Prep Kit (Illumina) – inkl. VarSkip Short Primer | E7658S | 24 rnx |  |
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| NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS Library Prep Kit (Illumina) – inkl. VarSkip Short Primer | E7658L | 96 rnx | |
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| NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 Companion Kit (Oxford Nanopore Technologies) – inkl. VarSkip Short Primer | E7660S | 24 rnx | |
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| NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 Companion Kit (Oxford Nanopore Technologies) – inkl. VarSkip Short Primer | E7660L | 96 rnx | |
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| NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 RT-PCR Module – inkl. VarSkip Short Primer | E7626S | 24 rnx | |
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| NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 RT-PCR Module – inkl. VarSkip Short Primer | E7626L | 96 rnx | |
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| NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 Library Prep Kit (Illumina) | E7650S | 24 rnx | |
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| NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 Library Prep Kit (Illumina) | E7650L | 96 rnx | |
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Stand: 01.01.2024
Weiterführende Informationen finden Sie unter Technische Ressourcen oder auf neb.com. Informationen zu Namensrechten finden Sie hier.
