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NEBNext FFPE DNA Library Prep

Optimiert für die Aufbereitung von FFPE-DNA

Das Archivieren von klinischen Zell- oder Gewebeproben als Formalin-fixiertes, in Paraffineingebettetes Material (FFPE) ist eine gängige Methode, da die Zellmorphologie und der Gewebekontext nahezu erhalten bleiben. Für DNA hingegen ist diese Prozedur und Lagerung problematisch, da durch die FFPE-Behandlung signifikante DNA-Schäden entstehen. Durch Thymin-Desaminierung entsteht Uracil, Oxidation schädigt die Basen, 3′ Enden können blockiert sein und Nicks und Gaps verhindern eine gute Amplifikation. Zudem sind FFPE-DNA-Proben oft nur in sehr kleinen Mengen verfügbar. Unter diesen Voraussetzungen ist es eine Herausforderung, qualitativ hochwertige Libraries herzustellen.

Ihre Vorteile:
  • Wiederherstellung von FFPE-induzierten DNA-Schäden
  • Breite Inputmenge (5-250 ng)
  • Erhöhte Ausbeute
  • Höhere Sensitivität bei der Bestimmung somatischer Varianten
  • Automationsfreundlich

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NEBNext FFPE DNA Repair V2 Modul
Das NEBNext FFPE DNA Repair V2 Modul ist eine optimierte Kombination von Enzymen, für die Reparatur von häufigen Schäden, die durch eine FFPE-Behandlung verursacht werden und optimiert für den Einsatz bei einer nachfolgender NGS-Library Erstellung. Der Mix erhöht die Ausbeuten und führt dabei zu keiner Sequenz-Verfälschung.

Abb 1:
So einfach lässt sich das NEBNext FFPE DNA Repair v2 Module in den Library Prep Workflow integrieren.
(Zum Vergrößern das Bild anklicken)

Abb 2:
Erhöhte Library-Ausbeuten nach Behandlung der DNA-Probe mit dem NEBNext FFPE DNA Repair v2 Module.
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NEBNext UltraShear FFPE DNA Library Prep Kit  
Das NEBNext UltraShear FFPE DNA Library Prep Kit ist speziell für die Erstellung von Libraries aus FFPE-DNA entwickelt und optimiert. Die enzymatische Fragmentierung unter Verwendung von NEBNext UltraShear erhöht die Ausbeute und Qualität und ist zudem besser skalierbar und benutzerfreundlich. Durch die FFPE-Behandlung verursachte DNA-Schäden werden durch eine Kombination von Enzymen repariert. Der Arbeitsablauf ist auf einen minimalen Zeitaufwand hin optimiert.

Abb 3:
NEBNext UltraShear FFPE DNA Library Prep Kit Workflow.
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NEBNext FFPE DNA Library Prep Kit
Für FFPE-Proben, bei denen eine enzymatische Fragmentierung nicht gewünscht ist, wurde das NEBNext FFPE DNA Library Prep Kit entwickelt. Es verbessert die Ausbeute und Qualität von Libraries bei unterschiedlicher Inputmenge (5-250 ng) und DNA-Qualität.

Abb 4:
NEBNext FFPE DNA Library Prep Kit Workflow.
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Produkttabelle

PRODUKT Art. # GRÖSSE INFO
NEBNext® FFPE DNA Library Prep Kit M6650S 24 rxns In den Shop wechseln Produktinformationen
M6650L 96 rxns In den Shop wechseln Produktinformationen
NEBNext® UltraShear FFPE DNA Library Prep Kit E6655S 24 rxns In den Shop wechseln Produktinformationen
E6655L 96 rxns In den Shop wechseln Produktinformationen
NEBNext® FFPE DNA Repair v2 Module E7360S 24 rxns In den Shop wechseln Produktinformationen
E7360L 96 rxns In den Shop wechseln Produktinformationen
NEBNext® FFPE DNA Repair Mix M6630S 24 rxns In den Shop wechseln Produktinformationen
M6630L 96 rxns In den Shop wechseln Produktinformationen

Stand: 07.06.2024

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