Optimiert für die Aufbereitung von FFPE-DNA
Das Archivieren von klinischen Zell- oder Gewebeproben als Formalin-fixiertes, in Paraffineingebettetes Material (FFPE) ist eine gängige Methode, da die Zellmorphologie und der Gewebekontext nahezu erhalten bleiben. Für DNA hingegen ist diese Prozedur und Lagerung problematisch, da durch die FFPE-Behandlung signifikante DNA-Schäden entstehen. Durch Thymin-Desaminierung entsteht Uracil, Oxidation schädigt die Basen, 3′ Enden können blockiert sein und Nicks und Gaps verhindern eine gute Amplifikation. Zudem sind FFPE-DNA-Proben oft nur in sehr kleinen Mengen verfügbar. Unter diesen Voraussetzungen ist es eine Herausforderung, qualitativ hochwertige Libraries herzustellen.
- Wiederherstellung von FFPE-induzierten DNA-Schäden
- Breite Inputmenge (5-250 ng)
- Erhöhte Ausbeute
- Höhere Sensitivität bei der Bestimmung somatischer Varianten
- Automationsfreundlich
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NEBNext FFPE DNA Repair V2 Modul
Das NEBNext FFPE DNA Repair V2 Modul ist eine optimierte Kombination von Enzymen, für die Reparatur von häufigen Schäden, die durch eine FFPE-Behandlung verursacht werden und optimiert für den Einsatz bei einer nachfolgender NGS-Library Erstellung. Der Mix erhöht die Ausbeuten und führt dabei zu keiner Sequenz-Verfälschung.
Abb 1:
So einfach lässt sich das NEBNext FFPE DNA Repair v2 Module in den Library Prep Workflow integrieren.
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Abb 2:
Erhöhte Library-Ausbeuten nach Behandlung der DNA-Probe mit dem NEBNext FFPE DNA Repair v2 Module.
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NEBNext UltraShear FFPE DNA Library Prep Kit
Das NEBNext UltraShear FFPE DNA Library Prep Kit ist speziell für die Erstellung von Libraries aus FFPE-DNA entwickelt und optimiert. Die enzymatische Fragmentierung unter Verwendung von NEBNext UltraShear erhöht die Ausbeute und Qualität und ist zudem besser skalierbar und benutzerfreundlich. Durch die FFPE-Behandlung verursachte DNA-Schäden werden durch eine Kombination von Enzymen repariert. Der Arbeitsablauf ist auf einen minimalen Zeitaufwand hin optimiert.
Abb 3:
NEBNext UltraShear FFPE DNA Library Prep Kit Workflow.
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NEBNext FFPE DNA Library Prep Kit
Für FFPE-Proben, bei denen eine enzymatische Fragmentierung nicht gewünscht ist, wurde das NEBNext FFPE DNA Library Prep Kit entwickelt. Es verbessert die Ausbeute und Qualität von Libraries bei unterschiedlicher Inputmenge (5-250 ng) und DNA-Qualität.
Abb 4:
NEBNext FFPE DNA Library Prep Kit Workflow.
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Produkttabelle
| PRODUKT | Art. # | GRÖSSE | INFO | |
|---|---|---|---|---|
| NEBNext® FFPE DNA Library Prep Kit | M6650S | 24 rxns |  |
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| M6650L | 96 rxns | |
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| NEBNext® UltraShear FFPE DNA Library Prep Kit | E6655S | 24 rxns | |
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| E6655L | 96 rxns | |
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| NEBNext® FFPE DNA Repair v2 Module | E7360S | 24 rxns | |
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| E7360L | 96 rxns | |
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| NEBNext® FFPE DNA Repair Mix | M6630S | 24 rxns | |
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| M6630L | 96 rxns | |
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Stand: 07.06.2024
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