Die einzigartige Ligase zur Detektion seltener RNA-Fragmente, SNP-Analyse und mehr!
NEB hat eine neue, einzigartige Ligase entwickelt: SplintR Ligase ligiert benachbarte einzelsträngige DNA-Oligonukleotide, die durch Hybridisierung mit einem komplementären RNA-Strang „geschient“ werden. Der RNA-Splint (splint = Schiene) fungiert dabei wie eine Gipsschiene bei einem Armbruch und „überbrückt“ die DNA-Oligos.
Die Anwendungen der einzigartigen SplintR Ligase sind vielfältig:
Durch die geschickte Wahl synthetischer DNA Oligos als Köder können Sie hochspezifisch subnanomolare Mengen einer bestimmten RNA in Rohextrakten (z.B. Total-RNA) detektieren (siehe Abbildung).
Oder Sie detektieren SNPs, Splicing-Varianten oder RNA-Reifung etc.
Applikationen:
- Ligation von ssDNA, die durch komplementäre RNA Sequenzen „geschient“ bzw. überbrückt wird
- Detektion spezifischer RNA durch Ligation von DNA-Sonden
- SNP-Analyse oder Detektion von Splice-Varianten
- RASL-sequencing
(A) Schema des SplintR Ligation Assay zur Detektion spezifischer RNA: ein 5´-phosphoryliertes und 3´-FAM-fluoreszenzmarkiertes DNA „Donor” Oligonukleotid und ein unmodifiziertes DNA „Acceptor” Oligonukleotid hybridisieren mit dem gesuchten komplementären RNA-Fragment und werden so „geschient“. Dieser Komplex dient als Substrat für die SplintR Ligase. Es entsteht eine Mischung aus nichtligiertem Ausgangsmaterial (I), adenylierter DNA (Zwischenprodukt) (II) und dem ligierten Produkt (III), die durch Denaturierung und Kapillar-Elektrophorese mittels Fluoreszenz detektiert werden.
(B) Ligation der gesplinteten Substrate bei 25°C für 15 min, (a) ohne Enzym, (b) 1 µM T4 DNA Ligase, (c) 100 nM SplintR Ligase. Die gekennzeichneten Peaks entsprechen den Substraten pDNA (I), AppDNA (II) sowie dem ligierten Produkt (III). Die Peaks wurden durch Co-Elution mit synthetisch hergestellten Standards zugeordnet.
(C) In einer Testreihe wurde der ligierte Anteil DNA (Fraction Ligation) in Abhängigkeit der Konzentration von SplintR und T4 DNA Ligase bestimmt. Die Ligationen wurden bei 37°C für 15 min mit Ligasekonzentrationen von 10 pM bis 10 µM durchgeführt. Die SplintR ist deutlich effektiver in der Ligation RNA-gesplinteter DNA als die T4 DNA Ligase.
Produkttabelle
| PRODUKT | Art. # | GRÖSSE | INFO | |
|---|---|---|---|---|
| SplintR™ Ligase | M0375S | 1.250 units |  |
 |
| M0375L | 6.250 units | |
|
|
Stand: 01.01.2024
Weiterführende Informationen finden Sie unter Technische Ressourcen oder auf neb.com. Informationen zu Namensrechten finden Sie hier.
